En varios lugares se tiene un grave prejuicio acerca de México, que no es un país importante donde se desarrolle ciencia o literatura, como sí pasa en otros lados del mundo. La historia de este país está marcada por constantes conflictos bélicos y rupturas en los sistemas de gobierno. Esto hace que varias personas consideren a nuestra nación como un lugar en donde de nada sirve hacer ciencia, pues no tenemos ni las condiciones ni la inteligencia para hacerlo. Y por supuesto, si no puede haber ciencia tampoco filosofía. 
Uno de los conflictos más conocidos es la Conquista de Mesoamérica por parte de los españoles. Esta etapa fue de las más sangrientas y violentas de lo que posteriormente sería México. Durante y después de la guerra entre indígenas y españoles varios pensadores se plantearon si era válida la Conquista, o bien, si los españoles tenían el derecho de invadir y gobernar aquí.
Algunos pensadores sostuvieron que sí, pues era la manera de solucionar el atraso religioso y social que los nativos de estas tierras tenían. El modo de proceder consistió en conquistar y cristianizar esta región del mundo, pues así lo indicaba la ley natural o universal. Otros pensadores se opusieron, pues decían que en las instituciones indígenas había un cierto respeto a la ley natural, y que a lo mucho se tenía que dar a conocer el Evangelio. Sus opositores rebatieron que esa ley natural era endeble. Uno los principales opositores a la Conquista fue Alonso de la Vera Cruz.
A pesar de que la Conquista sí se realizó, en esta etapa se vio reflejado que en México sí ha habido interés filosófico en temas relevantes. Las cuestiones sobre la ley natural y el derecho a la conquista fueron temas que la filosofía novohispana trató durante un largo tiempo por su fuerte impacto en la sociedad.
Por ello, la Dra. Virginia Aspe, profesora e investigadora de la Facultad de Filosofía de la Universidad Panamericana, en colaboración con su equipo de trabajo, conformado por el Mtro. Héctor Luna, la Dra. Cecilia Sabido y la Dra. Ma. Carmen Rovira, decidieron realizar un proyecto en el cual se muestre y defiende el pensamiento filosófico que tuvo lugar alrededor de los siglos XVI y XVII en nuestro país. En sus libros Análisis crítico de textos filosóficos Siglo XVI y Antología del Siglo XVI buscan mostrar que en México hubo y sigue progresando la investigación filosófica, y que los temas tratados en aquella época permanecen vigentes en nuestra época.
En aquel entonces las especulaciones de los pensadores novohispanos giraron alrededor de temas como la libertad y la inclusión del otro (a pesar de que sea diferente), lo cual en nuestros días sigue siendo tema relevante frente a cuestiones religiosas, morales y culturales.
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